在中央地方的统筹协调，以政府职能转变为核心的事中事后监管，“可复制可推广”与国际金融中心建设的协调处理，与国际高标准投资贸易规则的对标等方面，上海自贸试验区建设还存在有待进一步研究的问题。
建议上海自贸试验区下一步充分依托浦东新区作为一个完整行政区域的优势，探索建立一套与国际投资贸易通行规则相衔接的制度创新体系，推动上海自贸试验区成为开放度最高的投资贸易便利、货币汇兑自由、监管高效便捷、法治环境规范的自由贸易园区，为全国深化改革开放继续发挥示范引领作用。
自2013年9月29日正式挂牌成立以来，中国(上海)自由贸易试验区已经走过两年多的历程。目前，以“准入前国民待遇+负面清单”管理模式的改革探索不断取得新突破，对标国际投资贸易通行规则的制度创新不断深化，国际化、市场化、法治化的营商环境不断完善，一批立足可复制、可推广的基础性制度和核心制度不断形成，浦东新区作为一级地方政府转变职能的改革举措不断取得新进展，提高经济领域政府治理能力的制度框架基本形成。
上海自贸试验区建设对新一轮改革开放具有引领意义，是全面深化改革的突破口。这一特性决定了上海自贸试验区必须在诸多领域先行先试，承担“制度闯关”的艰巨任务，并形成可复制、可推广的经验，为在国家层面全面深化改革助力。两年多来，自贸试验区在贸易、投资、金融三方面的制度创新取得了较为显著的成效。
以负面清单管理为核心的投资管理制度基本建立
一是深化完善负面清单。2013年上海自贸试验区推出全国首张负面清单，外商投资准入特别管理措施有190条；2014年6月修订出台2014版负面清单，特别管理措施减少至139条，提高了开放度和透明度。2015年，国家明确4个自贸试验区共用一张负面清单，特别管理措施进一步减少至122条。
二是改革外商投资和境外投资管理制度。自贸试验区将负面清单以外领域的外商投资项目和企业合同章程审批全部改为备案制，境外投资也改为备案。这两项工作从自贸试验区成立伊始就开始实施，效果显著。截至目前，上海自贸试验区范围内新设外资企业超过5000家，投资总额达800亿美元。对境外投资共计628个项目，其中86个为增资项目，表明境外投资运转良好。
三是落实扩大开放措施。上海自贸试验区运行两年来，国家先后批准了两批、共54项扩大开放措施，其中服务业37项、制造业17项。目前所有扩大开放措施均已可实施，已有超过1100个项目落地。
以贸易便利化为重点的贸易监督制度有效运行
一是创新“一线放开、二线安全高效管住、区内自由”的监管制度。在海关、检验检疫部门的支持配合下，上海自贸试验区推出了“先入区、后报关”、“一次申报、一次查验、一次放行”等多项创新举措，成效显著。
二是搭建国际贸易“单一窗口”。2015年6月，国际贸易“单一窗口”1.0版正式上线运行，覆盖6个功能模块，涉及17个口岸和贸易监管部门，600多家企业上线办理业务，初步具备了国际贸易“单一窗口”的基本构架和主要功能。
三是货物状态分类监管。对保税货物、非保税货物、口岸货物进行分类监管，通过采用“联网监管+库位管理+实时核注”的监管模式，对货物的“进、出、转、存”情况进行实时掌控和动态核查。
以资本项目可兑换和金融服务业开放为目标的金融改革有序推进
一是金融开放创新方案及配套政策陆续制定完成。2015年，国务院批准各相关部委和上海市人民政府联合发布《进一步推进中国(上海)自由贸易试验区金融开放创新试点，加快上海国际金融中心建设方案》(以下简称《联动方案》)；中国人民银行上海总部发布《上海自贸试验区分账核算业务境外融资与跨境资金流动宏观审慎管理实施细则》，启动自由贸易账户外币服务功能和境外融资功能；证监会发布《境外交易者和境外经纪机构从事境内特定品种期货交易管理暂行办法》，原有期货市场建设步伐加快，相关配套政策陆续发布。
二是金融市场和产品服务功能不断提升。主要表现在金融机构大量集聚，自由贸易账户运行顺畅，人民币跨境使用迅猛增长，外汇管理改革成效显著，面向国际的金融要素市场建设稳步推进。
三是金融监管和风险防范机制不断完善。通过建立监管协调机制、跨境资金流动监测机制、“反洗钱、反恐融资、反逃税”监管机制，完善金融宏观审慎监管措施，切实加强金融机构风险管理主体责任，构建开放条件下的金融安全网。
但与此同时，在中央地方统筹协调、以政府职能转变为核心的事中事后监管、“可复制可推广”与国际金融中心建设的协调处理、与国际高标准投资贸易规则的对标等方面，也存在一些有待进一步研究的问题和需要进一步推进的工作。
适应简政放权新常态，进一步转变政府职能
一是要解决“证照分离”后的新问题。
上海自贸试验区成立之初，即率先在区内试行注册资本认缴制。此后又推行“三证合一、一照一码”注册登记制度。此外，还在全国率先试点“证照分离”，将“先证后照”改为“先照后证”，以进一步激发“双创”活力。从现有实践来看，“证照分离”、“先照后证”虽然为在自贸试验区开办企业带来了便利，但并未解决全部问题。很多创业者拿到营业执照后仍然存在办证难问题，只是把矛盾推后了。主要问题仍在于许可事项办理的透明度和预期性较低，部分行业的市场准入门槛较高。为此，需要进一步转变政府职能，更加充分发挥市场和企业的主体作用，取消部分许可证，降低具体办事部门的自由裁量权，增强行政过程的透明度和办理结果的可预期性。
二是要转变“谁审批，谁主管”的传统思路，加强事中事后监管。
很多审批、许可项目被取消，随之而来的问题是一些政府部门履行监管职能不积极，认为“不是我批的，不归我管”。这种在“全链条”审批时代遗留下来的“谁审批，谁主管”的传统思路，显然已经不适应“准入前国民待遇+负面清单”时代的新形势。为此，需要进一步转变政府职能，将工作重心和注意力真正从事前审批转移到事中事后监管上来，明确监管职权、厘清监管责任，做到不该管的果断放手，该管的坚决管起来。
三是要进一步强化部门间信息共享，打破“蜂窝煤”管理模式。
目前我国的政府管理模式很大程度上是“蜂窝煤式”的，各部门自上而下自成一体，相互之间信息流通不畅、沟通协调不足，既不利于监管资源的最佳利用，也给企业经营和市场运转造成额外负担。一些体制机制方面的问题是在自由贸易试验区乃至上海市层面都无法完全解决的，需要中央相关部门给予配合、支持和协调。从现实情况出发，可以考虑以金融领域为突破口，在自贸试验区范围内打破“一行三会”间的监管壁垒，探索建立符合国际规则、适应中国国情、统筹协调的全覆盖金融监管体制。
处理好“可复制可推广”与国际金融中心建设的关系
探索和积累可复制可推广的经验，是中央对上海自贸试验区的重要要求，也是自贸试验区试点的重要意义之所在。但是，对“可复制可推广”的理解不宜绝对化，不应认为自贸试验区的任何创新举措都要以“可复制可推广”为前提。金融领域尤其如此。金融要素天生具有集中性，需要大资金、大市场、大平台，这也正是上海建设国际金融中心的原因之所在。在此情况下，如果一味强调“可复制可推广”，一来易于束缚金融创新思路；二来复制、推广过快会对试验深度和要素积累造成影响；三来复制、推广过多会分散金融资源，妨碍要素集聚，影响国际金融中心的建设进程。在调研过程中，相关政府部门和金融机构对此均有所反映。
2015年4月8日，《国务院关于印发进一步深化中国(上海)自由贸易试验区改革开放方案的通知》中明确指出：“加大金融创新开放力度，加强与上海国际金融中心建设的联动。”10月30日，经国务院同意，人民银行、商务部、银监会、证监会、保监会、外汇局和上海市政府联合印发《联动方案》，标志着上海自贸区金融开放创新与上海国际金融中心建设联动这一理念得到明确。上海在建设国际金融中心方面具有先天优势，这一优势不应被冲淡或放弃。金融市场除了集聚功能，还有辐射功能，能够辐射和服务周边。因此，就上海自贸试验区金融创新发展和金融市场建设而言，可以更多地从“可服务可辐射”的角度进行思考和探索，充分发挥自身优势，将自贸试验区推进与国际金融中心建设有机结合起来。
例如，目前，关于自由贸易账户和分账核算体系的实施细则是由人民银行上海总部制定的，其能否约束上海市以外的金融机构存在疑问。而如果将自由贸易账户简单复制推广到其他自贸试验区，又会使相关金融业务的集中性受到影响。因此，可以考虑将人民银行上海总部制定的规则上升到人民银行总行层面，约束全国范围内的相关金融机构；其他自贸试验区基于相同规则建立自由贸易账户，但将结算中心总后台放在上海，从而充分发挥上海的金融中心优势。
进一步对标国际投资贸易通行规则
由于上海自由贸易试验区建设主要着眼于制度创新而非政策优惠，因此必须从转变政府职能、优化营商环境、便利贸易投资的角度打造核心竞争力，对标国际投资贸易通行规则，在国际范围内对企业产生足够吸引力。从调研中了解到的情况看，很多企业尤其是拥有跨国业务的大企业，对自由贸易试验区出台新政策、新规则并无多高期待，更希望、更看重的是“政府少管点”和“尊重国际惯例”，以便其能以国际通行方式进行更为自主灵活的经营。
例如，航运保险是国际化程度很高的自成一体的保险业务，相比一般保险业务有较大的特殊性。《海商法》对海上保险也有专章规定，构成《保险法》的特别法。有鉴于此，保险监管部门在对航运保险业务及开展此类业务的企业进行监管时，理应与对一般保险业务的监管有所区别。但实践中，保险监管部门对航运保险业务的特殊性并未给予足够关注，而是习惯于一体适用相关监管规则和指标，并要求监管对象相应调整其业务模式和作法。这不仅给航运保险企业增加了不必要的合规成本，也不利于这些企业开展国际化经营。
因此，有必要在自贸试验区内进一步探索简政放权和转变政府职能，可放可不放的尽量放，可管可不管的尽量不管，尽可能做到尊重市场规律和国际惯例，为企业创造一个更为友好和宽松的国际化、法治化营商环境。
建议上海自贸试验区下一步充分依托浦东新区作为一个完整行政区域的优势，探索建立一套与国际投资贸易通行规则相衔接的制度创新体系，推动上海自贸试验区成为开放度最高的投资贸易便利、货币汇兑自由、监管高效便捷、法治环境规范的自由贸易园区，为全国深化改革开放继续发挥示范引领作用。