区块链在应用中有不少优势，但仍然面临一些挑战。
财经刊文指出，一是信任问题。尽管用户不需要信任交易中的另一方或任何中心化的媒介机构，但是需要信任区块链协议下的软件系统，大众可能仍然需要权威机构为之背书。区块链技术去中心化和不可篡改的特性是有限的，更多的是在私有链和联盟链层级上实现去中心化，还有更高层级的机构或系统可以对整个区块链进行把控。
二是技术鸿沟。有能力在互联网上安全使用区块链技术和无能力人群之间存在鸿沟。要解决这个问题，系统必须设计成“傻瓜式”，用户不需要了解太多关于这个系统的知识也能良好地使用这个系统，且系统能明确地向用户展示出其功能和带来的结果。
三是安全性。尽管破坏区块链系统需要攻击51％以上的节点难度较高，但攻击者可能转而攻击使用的个人，比如侵入个人的钱包或攻击相关平台。
四是存在隐私挑战。用户与钱包之间的别名身份在匿名性上其实是很弱的，加上比特币区块链交易的透明性，任何人可以通过观察区块链得出关于某事的结论。
五是与现有应用技术以及使用习惯的平滑接轨。由于存在路径依赖，旧的观念可能制约新模式的产生。现有应用技术有一定的客户粘性，区块链技术要得到广泛接受，必须克服既有的路径依赖。
六是技术规则可能缺乏现实世界中所需的必要灵活性。例如中金公司的分析报告就提到了目前的区块链在改造金融基础设施中存在的不足，包括事后不可追索、无法以净头寸结算、无法融券、交易令牌与实物资产匹配不足、智能合约自动执行可能形成自我加强的反馈环导致金融不稳定等等。
这些障碍，有些可以通过区块链技术的发展得以解决，有些也许需要区块链之外的其他技术才能解决。区块链技术虽然受到了追捧，但多数还在研究测试阶段，同时也有其他技术与其竞争，区块链真正大规模商业化应用还有待时间检验。