上海自贸试验区成立伊始，国家质检总局就出台了《关于支持中国(上海)自由贸易试验区建设的意见》，明确“进境检疫，适当放宽进出口检验；方便进出，严密防范质量安全风险”的原则，提出了积极开展质检制度创新、探索建立试验区检验检疫监管新模式、支持深化试验区质量监督行政审批制度改革、促进试验区提升贸易便利化水平、建立试验区检验检疫预警和防控体系等十条意见。
截至2016年6月底，上海市出入境检验检疫局已出台77项支持自贸区发展制度举措，其中创新机制18项、简政放权16项、贸易便利化12项、支持产业发展27项、加强互联互通4项，制定配套文件131个。在上海国检推出的创新制度中，首批8项已在全国复制推广，24项制度已经出台了具体规范和操作细则，将率先在上海全市推广，并作为全国复制推广的备选制度。