当提及会计惯例时，美联储和日本央行在会计核算方面有一个重要的不同：与美联储不同，日本央行按照购买价格并减去摊销成本来计算其债券持有价值。在央行实施负利率政策（NIRP）之前，这种计算方法不存在问题，因为债券收益率是正值。
随着时间推移，央行购买的任何债券都将会到期并获得收益，也不至于导致账面计入损失的出现。但是在负利率政策期间，央行高价买入的数千亿债券必定会带来账面损失。随着债券到期，日本央行将会面对债券面值所带来的累计损失问题。
从单纯的会计角度来看，这意味着日本央行资产负债表中的一项缺口被打开，同时也反映出日本央行货币化账面价值和票面价值存在差异。
这一缺口有多大？根据彭博社的相关报道，截止本年度8月份，日本央行资产负债表账面和票面价值之间的变量缺口已经激增至8.7万亿日元约840亿美元。
这一“缺口”的主要区别点在于，目前日本央行持有的债券票面价值为326.7万亿日元，而在其8月份资产负债表中，该部分账面价值为335.4万亿日元。与引入负利率政策之前的1月份相比，这一差距较以前已增加42%，而且还在不断上升。
根据彭博社的报道，到2015财年截止日的3月31日时，两者之间的差距估值为6.4万亿日元，而日本央行在资产负债表中计入的却是8740亿日元，因为这一数据已经被日本央行上年1.29万亿的息票收入所掩盖。然而，由于负利率政策的影响，当前和未来购买的息票收入都可以忽略不计，所以日本央行似乎要限制未来的经常性收入，并且会诉诸其他手段来填补资产负债表中的缺口。
来自日本东京研究机构的高级经济学家SayuriKawaMUra表示：“这些数字揭示了日本央行货币政策的扭曲情况。日本央行的年度摊销损失将会增加，并逐步侵蚀其利润。由此产生的风险也将会进一步增加，而央行的金融稳定性将会出现动摇。”
彭博社还补充报道称：“目前这一问题还不是迫在眉睫，因为日本央行的利润收入可以弥补这些损失，但不断扩大的缺口开始对央行购买债券的可持续性造成质疑。而日本央行行长黑田东彦曾表示，央行还要进一步扩大对债券的持有规模。”
对于如何消除这一麻烦，日本央行一直三缄其口。但日本央行最终也需要去填补这一缺口。来自日本央行的发言人忠明谷（TadaakiKumagai）表示：“日本央行发布了半年度和年度账目”，但是他拒绝就此发表进一步的评论。
现在，随着这两个估值之间差距的进一步扩大，投资咨询机构EuropacifiCAConsulting的首席执行官娜奥米路菲克（NaomiFink）表示：“这将会是一个相当安全的赌注”，即日本央行2015年财年账面损失肯定会增加。而彭博社也认为：“尚不知这些损失何时会超过日本央行的收入，但是随着其不断买入更多高价、低收益的债券，损失超过收入的日子可能很快就到了。”而娜奥米路菲克认为，在某些场景下，这种情况很有可能在本财年就会发生。
日本央行能吸收多少损失？目前其拥有的2.69万亿日元储备可以用来弥补损失。
来自日本某研究机构的川村沙雪（SayuriKawamura）表示：“作为最终退出刺激政策的准备，日本央行去年已开始增加其外汇储备以应对债券带来的损失。但是如果日本央行利润出现下滑，其将再无机会继续刺激政策。就算日本央行现在开始退出刺激政策，但形势已经变得异常严峻。”
以目前的速度来衡量，几乎可以确信日本央行的外汇储备在不远的将来就会被完全耗尽。从这一点来看，日本央行将不得不依靠由政府，修改立法向自己提供短期资本以应对未来损失。那么市场又将会对日本央行这一前所未有的救市行为作何反应呢？目前尚不可知。