尽管美国著名指数编制公司明晟公司（MSCI）没有过于强调投资者不能很好地接触深交所上市股票这一问题，但MSCI此前指出，投资配额是A股纳入MSCI的主要障碍之一。深港通的推出以及总额度取消，将极大地缓解这一问题，A股纳入MSCI的可能性将大大提升。
美国金瑞基金（KraneShares）首席投资官BrendanAhern表示，MSCI定义的境内股市是MSCI中国A股国际指数，这包括了深圳上市的公司。虽然MSCI未提及深港通问题，但曾表示投资配额是A股不能纳入MSCI的主因之一。当前，美国机构投资者需要用RQFII才能投资深圳的股市。预计深港通推出后，将使得配额问题获得进一步解决。
金融时报记者JoshNoble指出，深港通细节明确，不再设总交易额度限制，与此同时沪港通总额度限制也被取消。尽管短期来看，这对交易没有什么明显影响，但有助于让MSCI将A股纳入其新兴市场指数中。此前，额度限制是海外投资者担忧的一个因素。
中金公司王汉锋点评称，总额度取消是本次深港通的最大亮点。总额度的取消，意味着中国的股票市场实际上已经对所有国际投资者开放，这将是中国资本市场和资本账户开放的重要一步，这也意味着在不久的将来MSCI指数体系纳入A股的可能性将大大提升。
今年6月，MSCI宣布延迟将中国A股纳入其新兴市场指数。MSCI称，A股实际权益拥有权问题圆满解决，但还存以下问题：QFII每月资本赎回不超上年净资产20%的额度限制尚存；中国交易所对涉及A股的金融产品预先审批的限制未解决；QFII额度分配、资本流动限制进展、交易所停牌新规仍需时间观察。