按照《国务院关于深化中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革方案》（国发[2014]64号）文件的精神，为保持我国在纳米科技国际竞争中的优势地位，推动纳米研究成果的转化应用，按照《国家中长期科技发展规划纲要（2006—2020年）》部署和国务院《关于深化中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革的方案》，2016年我国正式启动实施纳米科技重点专项。专项总体目标是以自主创新为核心，围绕经济与社会发展的重大战略需求和重大科技问题，获得纳米重大原始创新和重要应用成果，提高纳米科技研究的自主创新能力和国际影响力，解决纳米科技应用于产业化关键技术问题，培养具有国际影响力的纳米科技领军人才，逐步形成我国纳米科技产学研用的人才梯队，加强纳米基础研究与应用研究的衔接，推动纳米科技成果转化，带动和支撑相关产业的发展，为我国成为纳米科技和人才强国做出贡献。
2016年度纳米科技重点专项的申报立项过程严格按照国家有关政策和科技部相关规定执行，包括指南发布、申报受理、形式审查、网上评审、视频答辩、合规性审核、预算评估和任务磋商等环节。“纳米科技”重点专项2016年共收到41个部门推荐的项目建议书408项（项目建议书277项，青年科学家项目建议书131项），涉及200个申报单位。
“纳米科技”重点专项项目评审分为预申报书评审和视频答辩评审两个阶段。科技部高技术研究发展中心严格规范评审方式、评审分组、专家遴选、专家评分及投票、评审结果统计、信息反馈和公开，强化评审工作纪律和纪检监督。通过评审和专业司局审核，确定立项支持43个项目（含青年科学家项目10项），立项项目涵盖了指南的26个研究方向，其中：大学19项，事业型研究单位23项，转制型企业1项。
纳米科技重点专项2016年全部项目的评审立项及国拨经费的拨付工作已全部完成，纳米专项2016年度立项项目已全面启动实施。科技部高技术中心于9月上旬召开了纳米重点专项启动工作会，意在落实科技计划管理改革措施，创新专项管理方式，建立内控管理制度措施，筹备组建专项管理办公室和总体专家组，有序推进专项的实施工作，从而确保专项任务目标按期实施。