三水拟推动三水港二期项目建设，拟建3000吨级泊位3个；续建北江飞鹿货运码头项目，拟建1000吨级泊位3个。另将筹建4个货运码头，搭建水陆联运的立体交通体系，打造成为佛山航运中心。
三水地处三江汇流之处，江河资源丰富，水路曾是人们出行的主要方式之一。三水岸线多，“但港口码头规模小、设施落后，集疏运体系不畅、码头分布呈现出小、散、杂的特点。”区交通运输城管局有关负责人表示，特别是码头功能单一、疏港条件较差，使码头难以成为资源共享的社会公用码头。
三水区拟利用珠江-西江经济带国家发展战略，不断提升西江干流三水港区的功能及规模，将三水区打造成为佛山的航运中心；依托广肇高速等道路网络，建立完善的港口集疏运体系，推广多式联运发展；推广休闲码头，扩展内河航运服务类型。
三水港地处西江“黄金水道”马口段，拥有良好地理位置和自然条件，是佛山市港口规划中重点发展的八大港区之一。根据规划，将扩容原港口，推动三水港二期项目建设，拟建3000吨级泊位3个。
油金岸线分布着不少水泥厂，同时也有一些临时码头。2013年，区交通部门对油金岸线进行整治，临时码头已全部关闭。按照规划，油金岸线将续建北江飞鹿货运码头项目，拟建1000吨级泊位3个。
三水还拟筹建新港口，已经对白坭公共货运码头、芦苞公共港口码头、西南外贸集装箱码头、西南内贸货运码头等四个项目开展前期研究。同时，拟规划旅游码头，结合三水生态旅游度假区建设规划，开展新建“游艇码头”和开通“水上巴士”的可行性研究。