运输是煤炭消费的重要一环，其在煤炭价格中也有着充分体现。山西汾渭能源开发咨询有限公司价格组经理曾浩表示，煤炭总成本中物流占比过半。
铁路更是煤炭外运的重中之重。据国家发改委于2013年印发的《煤炭物流发展规划》显示，将建设铁路“九纵六横”的规划。所谓九大纵道是解决“北煤南运”的物流通道，六大横道解决“西煤东运”的物流通道。而这些物流通道的一个问题在于，完善煤炭物流通道建设中，只提出了铁路通道和水运通道，而没有公路通道。
在此番煤价猛涨中，煤炭运力趋紧，特别是铁路运力紧张成为一个重要因素。
中铁总公司运输局副局长郭玉华表示，近期铁路运煤车辆装备明显偏紧。她说，近年来铁路大宗货物运量一跌再跌，铁路部门为了降低闲置车皮日常损耗，一方面将大量车皮按进度报废和封存;另一方面连续3年没有新造敞车(铁路煤炭主力运输车)。同时，在大宗货物下降情况下，铁总积极拓展白货、集装箱运输等业务，由于上述业务保持着每年近40%增长，由此，将约六成集装箱改用敞车装运，这占用了大量煤炭运力资源。
另一个原因则是通道能力偏低。郭玉华透露，中铁总将既有线空余运能大量增开客车，希望在收入上实现以客补货。另外，中铁总还大量开行小编组、高速度的白货列车，这使得目前主要运输通道的大宗运力受到限制。
随之而来的，则是运费上涨。10月10日，太原铁路局、郑州铁路局都发文称：在实行统一运价的营业线，整车煤运输运价水平恢复国家规定的基准运价;乌鲁木齐铁路局将煤炭整车运价在基准运价基础上上浮5%;西安铁路局取消整车煤运输每吨公里下调1分的优惠;11月9日，太原铁路局、兰州铁路局再发布通知，整车煤炭运费基准运价(即基价2)上浮10%。
据了解，国家铁路货物统一运价率由国家发改委制定，以15.51分/吨公里为基准价(即基价2)，铁路运输企业可以根据市场供求状况自主确定具体运价水平，允许上浮不超过10%，下浮不限。在10月10日前，铁路局运价执行的是下浮5%~10%政策。